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Le microbiote intestinal : Les bactéries et nous, des partenaires pour la vie !

Dernière mise à jour : 4 déc. 2023



Douleurs abdominales, MICI, syndrome de l'intestin irritable (SII) ballonnements, gaz, SIBO, SIFO, surpoids, déprime, dépression, burn-out, fatigue, stress, anxiété, peurs, hypersensibilité, maladies auto-immunes, addictions... Et si le dénominateur commun de toutes ces pathologies était le microbiote ? Tout, vous saurez tout ou presque sur les bactéries avec lesquelles nous cohabitons. Et vous saurez comment la naturopathie peut vous aider à faire ami-ami avec elles et comment mutualiser nos forces.

Mise en perspective

Sachez d'abord que nous autres, humains, sommes composés d'ADN cellulaire mais aussi d'ADN bactérien. Pour vous donner une petite idée : nous hébergeons dans notre intestin environ 100 000 milliards de bactéries tandis que nos cellules humaines sont au nombre de 30 000 milliards. Non seulement nous sommes des êtres hybrides et symbiotiques mais, cerise sur le cake, nous sommes plus bactériens qu'humains ! Je répète : NOTRE ADN EST PLUS BACTERIEN QU'HUMAIN !!! Oups ! Vous commencez à saisir pourquoi il est vital de chouchouter son microbiote intestinal, sous peine de le voir se retourner contre nous et nous livrer une guerre intestine...


La bactérie, ce micro organisme tout minus nous bat à plate couture en terme d'antériorité. Son apparition sur le terre remonte à 3,8 milliards d'années. Tandis que les premiers humains ont pointé un orteil il y a 2,5 millions d'années. Respect donc à nos vénérables micro-amies !


Mais le microbiote c'est quoi au juste ?

Microbiote vient du du grec mikrós "petit", et biôtós, adjectif verbal de bióô "vivre"

Au XXème siècle on appelait ces petits êtres vivants la flore intestinale... Aujourd'hui on parle plutôt de microbiote intestinale mais c'est la même chose. D'ailleurs il n'y a pas UN mais DES microbiotes : le bucal, le vaginal, le cutané, le pulmonaire. On dit même que ces petites bébêtes seraient présentes dans nos notre cerveau et notre sang... des lieux qu'on pensait stériles. Pensez-vous ! Elles sont chez elles absolument partout. Pour être tout à fait précis, sachez que le microbiote est constitué d'un ensemble de microorganismes parmi lesquels on dénombre des bactéries, mais aussi des micro-champignons (levures et moisissures, comme le célèbre Candida Albican...), des parasites et même des virus qui peuvent infecter les bactéries.

Autant dire que nous ne sommes pas seuls à bord du vaisseau amiral...



Aujourd'hui on se concentre spécifiquement sur le microbiote intestinal, le plus imposant de tous en terme d'unités et de bataillons. Le nerf de la guerre, vous allez le comprendre, n'est pas seulement d'avoir une nutrition qui nous convienne à nous, d'un point de vue nutritif ET gustatif, même si ça compte énormément quand même ! L'important c'est AUSSI d'adopter une alimentation qui leur plait à elles, qui les nourrit. Quand vous vous nourrissez, vous LES nourrissez aussi. Et si le gite et le couvert leur convient, elles nous renvoie l'ascenseur en nous offrant quantités de menus services.

On est dans un système donnant-donnant.


Le microbiote, c'est un organe à part entière.

Il pèse en moyenne1,5 kg et pour vous donner une idée, il représente 10% du poids sec d'un individu. Quand tout fonctionne bien, entre les bactéries et nous c'est l'eubyose. L'eubyose c'est l'état de grâce, l'équilibre, l'entente cordiale, l'amour quoi... <3.


En revanche, si on les contraries, paf c'est la DYSBIOSE ! La dysbiose, c'est tout le contraire : le déséquilibre, la prolifération des unes au détriment des autres, la destruction au bazooka. Un jeu de massacre qui se joue à bas bruit dans nos entrailles. A bas bruit ? Enfin pas toujours ! Quelques fois, ça pète sec et ça sent pas la rose... Mais c'est de bonne guerre !



Avec la dysbiose (déséquilibre de la flore donc), apparaissent les dommages collatéraux : la porosité intestinale ou hyperperméabilité intestinale ou leaky Gut Syndrom. En bref, notre intestin se transforme en une passoire à gros trous au lieu d'un fin tamis comme il se doit. La muqueuse intestinale se rabougrie sous les coups de butoir des vilaines bactéries pathogènes, les jonctions serrées (située entre chaque cellule intestinale) s'écartent et laissent passer n'importe qui dans la circulation sanguine et lymphatique. C'est l'anarchie. Résultat des courses, tout s'enflamme et se détraque en cascade dans notre organisme. Et c'est la porte ouverte à toutes les fenêtres et surtout à des tas de maladies et de désagréments comme les allergies alimentaires ou cutanées, les MICI, certaines maladies auto-immunes, neurologiques comme Parkinson ou la dépression, dont le dépistage et le traitement passeront par un équilibrage du microbiote, certains cancers, certaines maladies hormonales (dysfonctionnements thyroïdiens entre autre), certains troubles cutanés, ORL, gynéco, digestifs, la fatigue chronique, certaines maladies métaboliques... Car, il faut retenir que toute maladie procède d'une inflammation ! Vous l'aurez compris la bonne santé de notre organisme repose en très grande partie sur la bonne santé de notre intestin. Donc TOUT doit être mis en oeuvre pour revenir à l'eubyose, c'est à dire l'équilibre entre nos bactéries et nous.




Passons maintenant un peu en revue ce bataillon de microbes. Qui sont nos bactéries ? A quoi servent-elles ? Où vivent-elles précisément ? Qui couche avec qui ?

Nan, là je plaisante ^^, on s'en fiche !


Qui sont nos bactéries ?

Sachez qu'on ne les connait pas encore toutes. Certaines restent en planque, d'autres ont dévoilé leur frimousse. Mais qu'à cela ne tienne, leur séquençage ADN progresse un peu plus chaque jour, et on finira bien par les débusquer toutes !


Grosso merdo^^ notre intestin héberge un écosystème parmi lesquelles figurent 3 grandes branches de bactéries qu'on appelle des phylum ou phyla (l'équivalent de race ou genre ethnique) : les firmicutes, les Bacteriodetes et les Actinobacteria, qui chacune se subdivisent en groupes (ou ordres), puis en familles, puis en genres, puis en espèces et enfin souches. Ah Il y a aussi les Archés, de drôles de zigottos, plus proche de nos cellules humaines que de celles des bactéries.

Je ne vais pas vous faire le panégyrique il y en a des milliards... vous avez sans doute entendu parler de certaines d'entre elles : provotellas, Lactobacillus acidophilus ou bulgaricus, bifidobacterium bifidum (1) etc

Il y aurait au moins1000 espèces dont au moins 57 espèces partagées par plus de 90% des individus.


Où vivent-elles ?

Certaines vivent en milieu aérobie (avec oxygène) et d'autres en milieu anaérobie (sans oxygène). Théoriquement quand tout va bien, on en trouve en petite quantité dans l'estomac et dans l'intestin grêle mais le gros du bataillon se situe surtout dans notre colon, ce glouton joufflu.



A quoi servent-elles ?

A plein de choses et il y a fort à parier que la science n'est pas au bout de ses découvertes. Après, ne nous leurrons pas, même si on est dans un système win-win, elles poursuivent le même objectif que tout le Vivant : survivre en perpétuant leur propre espèce. Donc, comme nous, elles vivent aussi pour leur propre compte. La preuve en est que, lorsqu'une espèce domine et que sa survie passe par la consommation de sucre, les bactéries de cette espèce sont capables d'envoyer des images d'aliments sucrés à notre cerveau pour nous inciter à en consommer. Comment ? Et bien en empruntant une autoroute neuronale ultra rapide : le nerf vague. Et nous, pauvres choses soumises, nous allons boulotter des aliments sucrés pour leur plus grand plaisir, tout en nous flagellant parce qu'incapables de résister à cet appel de sucre. Elles tirent les ficelles au point qu'on est en droit de se demander si notre 2ème cerveau ne serait pas en réalité le 1er cerveau... Quand on sait en plus que le nerf vague fonctionne à 80% dans le sens ventre => cerveau...


A quoi servent-elles nos amies pour la vie ? Quelle est leur utilité ?


Pour peu qu'on les nourrissent bien, elle veillent au grain et nous protègent.


Elles assurent le bon fonctionnement et la maintenance de notre système immunitaire.
Elles participent à l'assimilation des nutriments.
Elles participent à la régulation de notre humeur et notre niveau de stress en fabriquant de la sérotonine.
Elle fabriquent des vitamines que notre organisme ne sait pas fabriquer comme la vitamine K et la vitamine B12.
Elles digèrent à notre place les fibres des fruits et légumes que nous ingérons, car nous ne savons pas les digérer

Prébiotiques, Probiotiques, Symbiotiques, Postbiotiques

Mais que signifie ce jargon en biotiques ?


Les prébiotiques sont des fibres issues de notre alimentation.

Ces fibres non digérées par notre intestin sont LES aliments de prédilection de nos bactéries intestinales. On les trouve principalement dans les fruits et les légumes. D'où l'intérêt d'en consommer différentes sortes quotidiennement.

Mangez des pommes ! Ca vous rappelle quelques chose ? Et aussi : Eat an apple a day keep the doctor away. Ce vieil adage qui nous invite à manger une pomme par jour pour tenir le médecin éloigné repose sur une découverte liée à la pectine. Ce nutriment que l'on trouve dans les pépins et la peau des pommes. Les pépins, OK on ne les mange pas. Mais la peau, si ! Il faut la consommer si toutefois la pomme a poussé sans traitements chimiques (pesticides, engrais etc.) La pomme on la consomme bio ou raisonnée. Nos bactéries intestinales en raffolent littéralement. C'est leur caviar à elles ! N'hésitez pas à les gâter.

Il existe également des prébiotiques sous forme de compléments alimentaires qui quelques fois sont utiles pour rebooster nos bactéries affamées.


Attention cependant, certaines personnes tolèrent mal ces fibres qui sont ni plus ni moins que des sucres qui fermentent. Le plus souvent c'est en lien avec une pathologie digestive pas toujours diagnostiquée (hypo-acidité stomacale, SIBO, SIFO, SII...) Dans ce cas, il peut être utile d'adopter une alimentation pauvre en FODMAP (Fermentable Oligosaccharides, Disaccarides, Monosaccarides et Polyols) pendant une durée limitée (3 mois maximum sous peine de se retrouver en carence de vitamines et minéraux), tout en réparant activement la muqueuse intestinale. Puis il s'agira de réintroduire ces fibres très progressivement et par famille de sucre. Pour les hyper sensibles une thérapie connexe en accompagnement est souvent très bénéfique : hypnose, sophrologie, ostéopathie viscérale, méditation, respirations diaphragmatiques, ou cohérence cardiaque.


Les probiotiques sont des micro-organismes vivants.

Ce sont essentiellement des bactéries et des levures.

Plus le microbiote est diversifié, donc plus il y a de souches différentes, mieux nous nous portons. Ce n'est pas un hasard si les tribus indigènes et les centenaires ont un microbiote riche. Tandis que les personnes en surcharge pondérale et vivant dans les pays industrialisés ont un microbiote pauvre. Le dénominateur commun est l'alimentation, l'activité physique régulière et la gestion de notre mental, de notre niveau de stress.

Les probiotiques naturels se trouvent dans les aliments fermentés comme : la choucroute, le kefir de lait ou de fruits, le lait fermenté, les légumes lacto-fermentés, les jus de légumes lacto-fermentés, les yaourts fermentés, la levure de bière vivante...


On peut également appeler à la rescousse des probiotiques sous forme de compléments alimentaires, dans le cadre de certaines pathologies digestives ou après une antibiothérapie par exemple qui hélas karchérise le microbiote.


L'offre est pléthorique et il faut savoir naviguer dans cette jungle des compléments alimentaires. Les chercheurs nous indiquent que telle souche est bénéfique pour tel symptôme, mais ce qui est valable pour un tel, peut s'avérer contre productif pour un autre. Alors, soit on tâtonne de manière empirique et on ingère des milliards de bactéries, en espérant qu'à l'arrivée il en subsistera quelques unes qui nous seront bénéfiques. Soit on fait des analyses biologiques de selles et/ou du génome de notre microbiote pour déterminer où se situe le déséquilibre : quelles bactéries sont en surnombre et quelles bactéries nous manquent. Ces analyses ADN représentent à coup sur un progrès phénoménal pour la médecine de demain. Mais pour l'instant, c'est encore peu répandu et pas à la portée de toutes les bourses. Mais on y arrive !


Les symbiotiques sont tout simplement des mélanges de pré et probiotiques


Les Postbiotiques sont des substances issues de la fermentation bactérienne. Lorsque les bactéries se nourrissent de fibres (les prébiotiques), mortes ou vivantes, elles rejettent des déchets, et ces déchets appelés métabolites sont bénéfiques à notre santé car ils produisent des Acides Gras à Chaîne Courtes, des Acides Aminés Essentiels, des protéines, des enzymes spécifiques, des Acides Organiques, des Vitamines (B, C, K)...

Un postbiotique est donc une préparation de micro-organismes inanimés et/ou de leurs composants qui confère un bénéfice santé à son hôte.

Autrement dit, même mort, il conserve ses propriété.

Le postbiotique est donc le petit dernier qui pourrait bien venir coiffer au poteau le probiotique car il est beaucoup plus stable et se conserve beaucoup mieux que le probiotique. Le champs d'application est vaste : compléments alimentaires, vétérinaire, cosmétiques.



La Recherche progresse :

Concernant les MICI (Maladies Inflammtoires Chroniques de l'Intestin) on constate par rapport aux sujets "sains" une diminution globale des Firmicutes et notamment des Faecalibacterium prausnitzii, un membre majeur des Firmicutes qui aurait des propriétés anti-inflammatoires. Selon des recherches de l'INRA on pourrait rééquilibrer la dysbiose en utilisant cette bactérie F. prausnitzii dans le traitement des MICI. On peut donc considérer aujourd’hui F. prausnitzii comme une sorte de biomarqueur de la santé intestinale, car, non seulement, il a été identifié dans la maladie de Crohn et dans la rectocolite hémorragique, mais il apparaît également diminué chez les patients souffrant de cancer colorectal et chez des patients atteints de SII - F. prausnitzii a montré sa capacité à renforcer la barrière épithéliale de l’intestin. Cette bactérie étant très sensible à l’oxygène, sa croissance, sa manipulation et sa production sont assez compliquées mais pas impossibles (2).


La greffe fécale ou greffe de selles donnent de très bons résultats sur la colite à clostridium difficile, causée par une bactérie très agressive dans le colon lorsqu'elle est en surnombre et très difficile à traiter. Mais attention, cette technique, bien que les donneurs soient contrôlés et triés sur le volet, ne permet pas de garantir une totale innocuité chez le receveur. Comment savoir si le donneur est porteur ou non de bactéries potentiellement infectées par des virus ou des champignons, sous une forme asymptomatique ? Le risque de transférer d'autres maladies n'est pas nul.



En conclusion

La science et la recherche progressent à grands pas dans le domaine du microbiote et gageons qu'avec le séquençage ADN individualisé et les nouvelles analyses biologiques dont nous vivons les prémices, un apport sur mesure de probiotiques et/ou de postbiotiques permettra de réellement guérir un bon nombre de pathologies. Patience, nous n'y sommes pas encore tout à fait, mais presque...


En attendant cette nouvelle ère, la mal-bouffe, la junk-food, les additifs alimentaires mais aussi, et nous en reparlerons à l'occasion d'un prochain article, le stress chronique, la sédentarité, les métaux lourds, la pollution atmosphérique et électromagnétique de nos habitations, sont délétères et modifient notre microbiote en l'appauvrissant et en attaquant notre paroi intestinale qui devient poreuse, créant un état inflammatoire et une dysbiose propices à l'apparition de pathologies diverses et variées. La communication avec le cerveau via le nerf vague, appelé aussi axe intestin-cerveau explique également l'apparition de certaines maladies neurologiques.


En résumé, vous l'aurez bien compris, notre microbiote intestinal, c'est le nerf de la guerre ! Et c'est surtout la garantie d'une bonne santé. Et comme notre microbiote est généralement bonne pâte et résilient, si vous en prenez soin, il vous le rendra au centuple.

Un dernier conseil pour la route : prenez le temps de bien mâcher vos aliments, c'est dans la bouche que commence la digestion. Adoptez une alimentation de type méditerranéenne ou crétoise (80% de végétaux, 20% de protéines en privilégiant les viandes blanches et les oeufs - jaune cru, blanc cuit - ), consommez le moins possible de sucres rapides, évitez l'alimentation industrielle et transformée, les sodas. En nourrissant bien vos cellules et vos bactéries comme elles le méritent, c'est à dire comme elles sont prévues pour fonctionner, vous mettrez ainsi toutes les chances de votre coté pour rester en bonne santé ou pour la retrouver.


Et si vous souhaitez un accompagnement personnalisé, n'hésitez pas à me contacter pour une consultation de naturopathie de visu à La Rochelle ou en visio !


Sophie Hauswald

Naturopathiquement votre !




 

Ci-dessous, sources ayant permis la rédaction de cet article, avec tous mes remerciements.

Si vous souhaitez approfondir vos connaissances, ces livres, articles et videos sont ici pour vous :-)

Les livres :

Stress, hypersensibilité, dépression Et si la solution venait de nos bactéries ? - Pr Gabriel Perlemuter - Edition Flammarion / Versilio 2020

Les bactéries, des amies qui vous veulent du bien - Pr Gabriel Perlemuter, Dr Anne-Marie Cassard - Solar Editions 2016

Comment le microbiote gouverne notre cerveau - Le cerveau, un deuxième intestin - Denis Riché - De Boeck Supérieur s.a 2021


Les video. retrouvez tous les liens des vidéos en lien avec le microbiote sur mon site https://www.naturopathe-larochelle.fr/naturopathie-conf%C3%A9rences-video-podcasts-appli




Les articles internet

1 -*Docteur Didier CHOS (Président de l’Institut Européen de Diététique et Micronutrition)

ETUDE CANADIENNES PROBIOTIQUES – Quelle souche pour quelle patho




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